A SPAF é responsável por planejar, formular e normatizar políticas, programas, projetos e ações relacionados ao sistema Estadual de Transporte Portuário, Aeroviário e Ferroviário de Cargas e Passageiros. Além disso, a secretaria também é responsável por regular e fiscalizar as atividades de transporte portuário, aeroportuário e ferroviário, bem como estabelecer convênios, acordos, contratos e demais instrumentos legais com outras entidades, sejam elas públicas ou privada